Uno dei simboli più significativi e conosciuti di Favignana è certamente l'ex Stabilimento Florio. Negli anni Novanta, dopo oltre vent'anni di abbandono, la Regione Siciliana ha acquistato la struttura trasformandola in un museo. Chi entra all'interno di questo luogo magico ha la sensazione di trovarsi in un paese in preda all'incantesimo di una fata, che ha fatto addormentare tutto e ha fermato il tempo. All'interno di questa area immensa tutto è rimasto al suo posto: i macchinari, le attrezzature, le reti, le botti, le lattine per le conserve e le grandi barche per la mattanza. Il percorso di visita dello stabilimento supera i riferimenti all'archeologia industriale, intesa come panacea di tutti i mali, e propone in maniera viva la storia della pesca del tonno e degli uomini che hanno vissuto in maniera quasi eroica questo antichissimo rito. Un "nuovo opificio" nella accezione di luogo del lavoro, di spazio delegato alla produzione e alla ricerca, è ritornato a pulsare vita, a produrre reddito per la gente. L'arte contemporanea, mescolata all'eco della battaglia delle Egadi e alle voci dei tonnaroti, ha generato un nuovo confine da esplorare del magico rimando fra arte e mare, natura e artificio.

Mostre permanenti, video installazioni e esposizioni temporanee

L'ex Spogliatoio Donne ospita la mostra di fotografie, con opere in bianco e nero, di Sebastião Salgado, realizzate a Favignana agli inizi degli anni Novanta, gli scatti di Renè Burri degli anni Cinquanta, le opere di Leonard Freed degli anni Settanta e quelle a colori di Ferdinando Scianna degli anni Ottanta. L'ex Magazzino Generale è dedicato alla collezione di Herbert List, realizzata nel 1951 con un testo narrativo e un autoritratto che completano l'esposizione. In un'ampia sala, ex Stiva, è ospitata una video installazione che raccoglie le testimonianze di un gruppo di anziani operai dello Stabilimento che fanno rivivere il loro mondo di lavoratori della vecchia Tonnara e le loro memorie. La Casa dell'Olio, lo spazio dove le lattine di tonno venivano riempite con l'olio d'oliva prima di essere tappate, oggi ospita un'ampia gamma di latte colorate e di varie dimensioni. Il Polo Museale per i Siti culturali promuove, quale fulcro dell'arte contemporanea, gli spazi dell'ex Stabilimento Florio, che con la sua notevole superficie di sale espositive, ben si presta a tale scopo. Sono stati individuati gli spazi dell'ex Magazzino della Trizzana, dell'ex Mensa Donne, dell'ex Ristorante, dell'ex Ufficio, dell'ex Spogliatoio uomini e del primo piano per ospitare mostre temporanee di artisti contemporanei che con le loro opere esprimono la loro visione del rapporto con il mondo del mare. Gli ex Magazzini del Carbone ospitano la mostra “Imaginarium – Nuove produzioni e sperimentazioni della fotografia italiana” con produzioni fotografiche di quattro artisti italiani.

Antiquarium e sala Battaglia delle Egadi 

La collezione archologica espone principalmente anfore e ceppi d'ancora in piombo, del periodo greco-romano e punico, con un esemplare di anfora di tipo mobile con l'iscrizione in greco EUPLOIA (buona navigazione), provenienti dalle acque delle Egadi. Di grande interesse è una fiasca in peltro databile al XIV sec. contenente ancora il vino dell'epoca, rinvenuta nelle acque del Bue marino. Una delle vetrine espone utensili in pietra di epoca preistorica e gusci di conchiglie resti di pasto. Il mare di Levanzo il 10 marzo del 241 a.C. vide una grande battaglia navale con cui si mise fine alla prima guerra punica con la vittoria dei Romani sui Cartaginesi. A questo evento bellico sono destinate due sale, l'ex falegnameria e l'ex magazzino militare, la prima espone sei rostri a tridente, elmi in bronzo di tipo Montefortino, anfore greco-italiche e puniche accompagnati da apparati didattico-scientifici innovativi; il visitatore, tramite un sistema touch, può interagire con tali supporti e avere informazioni sull'avvenimento storico, sull'utilizzo dei rostri, sulle caratteristiche delle navi da guerra, sulle metodologie di ricerca di archeologia subacquea e altro. I rostri di navi romane portano iscrizioni incise o a rilievo, a volte anche un motivo figurativo in rilievo rappresentato da una figura femminile alata, "la Vittoria", o a volte da elmi di tipo Montefortino con piume. Un solo esemplare è punico e reca un'iscrizione incisa che menziona il dio Baal. La seconda sala ospita una video installazione di forte impatto emotivo che fa rivivere i momenti della battaglia delle Egadi con i protagonisti che narrano la dinamica degli eventi. 

Non sono presenti barriere architettoniche